Sejarah pembentukan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD)  Dinas Lingkungan Hidup Provinsi Maluku yang diawali dengan nomenklatur Biro Bina Lingkungan Hidup  Setda Maluku pada tahun 1985  sampai bulan agustus tahun 2000 dan kemudian   berubah menjadi  Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Badan Pengendalian Dampak Lingkungan Hidup Daerah (Bapedalda) Provinsi Maluku dari bulan September tahun 2000 sampai tahun 2009. Pada tahun 2010 Badan Pengendalian Dampak Lingkungan Hidup Daerah (Bapedalda) Provinsi Maluku berubah  nomenklatur  menjadi  Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD)  Badan Pengendalian Dampak Lingkungan  Hidup (Bapedal) Provinsi Maluku sampai Tahun 2016.

Setelah  dikeluarkannya Peraturan Daerah Provinsi Maluku Nomor 6 Tahun 2016 tanggal 7 Desember 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Maluku maka terjadi perubahan nomenklatur dari Badan Pengendalian Dampak Lingkungan Hidup (Bapedalda) Provinsi Maluku menjadi Dinas Lingkungan Hidup Provinsi Maluku.

Nomenklatur Dinas Lingkungan Hidup Provinsi Maluku digunakan sejak tahun 2017 dan dalam menjalankan tugas dan fungsinya Dinas Lingkungan Hidup mengacu pada Peraturan Gubernur Maluku Nomor 40 Tahun 2017  tentang Uraian Tugas Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama, Administrator dan Pengawas di Dinas Lingkungan Hidup Provinsi Maluku.